Activitatea Institutului la nivel teritorial se realizeaza prin 4 centre nationale si 6 centre regionale de sanatate publica, organizate in structura acestuia, fara personalitate juridica.
Centrele nationale, care asigura coordonarea profesionala specifica pe plan national a Institutului, sunt:
a) Centrul National de Supraveghere si Control al Bolilor Transmisibile (CNSCBT);
b) Centrul National de Monitorizare a Riscurilor din Mediul Comunitar (CNMRMC);
c) Centrul National de Evaluare si Promovare a Starii de Sanatate (CNEPSS).
d) Centrul National de Statistict si Informatica în Sanatate Publica (CNSISP)
Centrele regionale de sanatate publica, care asigura coordonarea si executia profesionala la nivel regional a Institutului, sunt:
a) Centrul Regional de Sanatate Publica Bucuresti (CRSPB);
b) Centrul Regional de Sanatate Publica Cluj (CRSPC);
c) Centrul Regional de Sanatate Publica Iasi (CRSPI);
d) Centrul Regional de Sanatate Publica Timisoara (CRSPT);
e) Centrul Regional de Sanatate Publica Targu Mures (CRSPM);
f) Centrul Regional de Sanatate Publica Sibiu (CRSPS).
In cadrul Institutului functioneaza un consiliu de coordonare format din 13 membri, care are rolul de a aproba principalele directii de actiune in domeniile de strategie, organizare si functionare a Institutului.
Regulament de Organizare si Functionare a Institutului National de Sanatate Publica